Резиме
Се одржува неколку години по првата манга Ghost In The Shell. Мајорот е исчезнат оттогаш, а Дух во школка 2 го следи мистериозниот Мотоко Арамаки додека водеше истрага за инцидент во фабрика за производство на органи и неговите последици. Таа е во бегство да го расчисти нередот и да се спаси себеси во тој процес. Во меѓувреме, поранешните членови на делот 9 ја испитуваат Мотоко за да дознаат која е таа всушност.